Jabatan sebagai PJ Rais Aam PBNU sempat diemban KH Ali Yafie pada 1991-1992 setelah wafatnya KH Ahmad Shiddiq. PAlmarhum melanjutkan perjalanan karirnya sebagai Ketum MUI pada 1998-2000 dan Rektor Institut Ilmu Al-Quran (IIQ) Jakarta pada 2002-2005. 

 

Ali Yafie juga mengasuh Pengasuh Pondok Pesantren Darul Dakwah Al Irsyad, Pare-Pare, Sulawesi Selatan. Pondok pesantren tersebut telah didirikan oleh KH Ali Yafie sejak 1947. ***